A08

Die Spezifität des Wnt-Signalwegs für die Kontrolle der Stammzell-Nische

Dauer der Förderung: 2021-2025

Projektleiter

Dr. Josephine Bageritz

Dr. Josephine Bageritz

 Project Leader A08
Prof. Dr. Ingrid Lohmann

Prof. Dr. Ingrid Lohmann

 Project Leader A08

Zusammenfassung

Wnt-Signalwege sind wichtig für Stammzellen und ihre Homöostase. Bisher ist jedoch immer noch weitgehend ungeklärt, wie Wnt-Signalwege die verschiedenen Stammzellpopulationen in einem Gewebe in einer spezifischen Zelltyp-abhängigen Art kontrollieren. Um diese Fragen zu beantworten werden wir zwei Systeme von Stammzellnischen in Drosophila nutzen. Wir werden Kontext-abhängige Eingangs- und Ausgangssignale auf Einzelzell-Ebene hinsichtlich deren Einfluss auf die Interaktion mit anderen Signalwegen untersuchen. Dieser Vergleich und die funktionelle Analyse des Wnt-Codes werden Erkenntnisse hinsichtlich der Wnt-Spezifität in verschiedenen Stammzelltypen liefern.

Projektbezogene Publikationen

Glyoxal as alternative fixative for single cell RNA sequencing

Bageritz J, Krausse N, Yousefian S, Leible S, Valentini E, Boutros M. G3 (Bethesda). 2023 Jul 26:jkad160. doi: 10.1093/g3journal/jkad160. Online ahead of print. PMID: 37494060

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Analysis of Single-Cell Transcriptome Data in Drosophila

Yousefian S, Musillo MJ, Bageritz J. Methods Mol Biol. 2022;2540:93-111. doi: 10.1007/978-1-0716-2541-5_4. PMID: 35980574

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The molecular logic of synaptic wiring at the single cell level

Velten, J., R. Agarwal, P. van Nierop y Sanchez, L. Bognar, M. Paulsen, L. Velten, and I. Lohmann. 2021. bioRxiv, preprint.

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Closing the gap: a roadmap to single-cell regulatory genomics

Carnesecchi J, Lohmann I. Mol Syst Biol. 2020 May;16(5):e9497. doi: 10.15252/msb.20209497. PMID: 32430985

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ATF4-induced Warburg Metabolism drives Over-proliferation in Drosophila

Sorge S, Theelke J, Yildirim K, Hertenstein H, McMullen E, Müller S, Altbürger C, Schirmeier S, Lohmann I. Cell Rep. 2020 May 19;31(7):107659. doi: 10.1016/j.celrep.2020.107659. PMID: 32433968

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Multi-level and lineage-specific interactomes of the Hox transcription factor Ubx contribute to its functional specificity

Carnesecchi J, Sigismondo G, Domsch K, Baader CEP, Rafiee MR, Krijgsveld J, Lohmann I. Nat Commun. 2020 Mar 13;11(1):1388. doi: 10.1038/s41467-020-15223-x. PMID: 32170121

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Gene expression atlas of a developing tissue by single cell expression correlation analysis

Bageritz J, Willnow P, Valentini E, Leible S, Boutros M, Teleman AA. Nat Methods. 2019 Aug;16(8):750-756. doi: 10.1038/s41592-019-0492-x. Epub 2019 Jul 29. PMID: 31363221

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Single-Cell RNA Sequencing with Drop-Seq

Bageritz J, Raddi G. Methods Mol Biol. 2019;1979:73-85. doi: 10.1007/978-1-4939-9240-9_6.
PMID: 31028633

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WEADE: a workflow for enrichment analysis and data exploration

Trost N, Rempel E, Ermakova O, Tamirisa S, Pârcălăbescu L, Boutros M, Lohmann JU, Lohmann I. PLoS One. 2018 Sep 28;13(9):e0204016. doi: 10.1371/journal.pone.0204016. eCollection 2018. PMID: 30265728

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Decoding the regulatory logic of the Drosophila male stem cell system

Tamirisa S, Papagiannouli F, Rempel E, Ermakova O, Trost N, Zhou J, Mundorf J, Brunel S, Ruhland N, Boutros M, Lohmann JU, Lohmann I. Cell Rep. 2018 Sep 11;24(11):3072-3086. doi: 10.1016/j.celrep.2018.08.013. PMID: 30208329

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Stk33 is required for spermatid differentiation and male fertility in mice

Martins LR, Bung RK, Koch S, Richter K, Schwarzmüller L, Terhardt D, Kurtulmus B, Niehrs C, Rouhi A, Lohmann I, Pereira G, Fröhling S, Glimm H, Scholl C. Dev Biol. 2018 Jan 1;433(1):84-93. doi: 10.1016/j.ydbio.2017.11.007. Epub 2017 Nov 16. PMID: 29155043

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The Hox gene Abd-B controls stem cell niche function in the Drosophila testis

Papagiannouli F, Schardt L, Grajcarek J, Ha N, Lohmann I. Dev Cell. 2014 Jan 27;28(2):189-202. doi: 10.1016/j.devcel.2013.12.016. PMID: 24480643

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